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RasMol

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Zum Verständnis dieses Artikels sind folgende Seiten hilfreich:

rasmol.png/ RasMol 🇬🇧 ist ein Programm zur Darstellung von Molekülstrukturen im PDB-Format (Protein-Datenbank- Format) das sich vor allem zur Darstellung von Proteinmolekülen eignet. Manche Browser (z. B. Firefox) und chemische Struktureditoren wie Avogadro unterstützen die Darstellung von PDB-Dateien zwar auch, doch bietet RasMol sehr vielfältige Darstellungsoptionen.

Installation

RasMol kann direkt aus den Quellen installiert werden [1]

  • rasmol

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install rasmol 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://rasmol

Das Programm kann dann sofort gestartet werden [2].Im Startmenü finden sich daraufhin unter der Rubrik "Bildung" zwei neue Einträge: "RasMol (GTK Version)" und "RasMol (Classic Version)". Nach der Testinstallation unter Focal (20.04 LTS) ließ sich allerdings nur die GTK-Version ausführen.

Bildschirmfoto Rasmol1.png Bildschirmfoto Rasmol2.png Bildschirmfoto Rasmol3.png Bildschirmfoto Rasmol.png
Hämoglobin als Wireframe, Eisenionen als Spacefill, Farbgebung: "Color - Chain" Hämoglobin in der Ribbon-Darstellung Wireframe in der Farbgebung "CPK" Detailausschnitt in der Darstellung "Ball & stick"

Bedienung

Die GTK-Version startet im Ein-Fenster-Modus. Im Hauptfenster erscheint nach Öffnen des PDB-Files eine Molekülstruktur. Mit F7 wird ein Feld für die Befehlszeile eingeblendet, mit deren Hilfe man z. B. verschiedene Molekülteile selektiv auswählen kann, so dass spätere Änderungen der Darstellung sich nur auf die gewählten Teile auswirken. Die meisten Darstellungsoptionen lassen sich über das RasMol-Menü ändern.

Kommandos für die RasMol-Befehlszeile (Auswahl)
Verfügbare Optionen Bedeutung
select all alles auswählen
select none alles abwählen
select backbone Peptidrückgrat wählen
select sidechain Aminosäure-Reste wählen
select sulphur nur Schwefelatome wählen
select <Englischer Name des Elements> ein chemisches Element wählen
restrict backbone Darstellung auf das Peptidrückgrat beschränken
hbonds Wasserstoffbrücken anzeigen
ssbonds Disulfidbrücken anzeigen
color hbonds red Wasserstoffbrücken rot einfärben

Befehle im RasMol-Menü (Auswahl)
Verfügbare Optionen Bedeutung
Display Darstellungsart
- Wireframe Atome und Bindungen als dünne Drähte (Standardeinstellung)
- Ball & stick Atome als Kugeln, Bindungen als Stäbe
- Spacefill Atome im Van-der-Waals-Radius
- Ribbons Peptidrückgrat als Band
Colours Farbgebung
- Monochrome einfarbig (Standard: grau)
- CPK Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau
- Shapely jede Aminosäure in einer anderen Farbe
- Chain jede Peptidkette in einer anderen Farbe
Options Darstellungsoptionen
- Slab Mode Beim Hineinzoomen wird ein Querschnitt durchs Molekül erzeugt
- Specular Durch Glanzeffekte wird die 3D-Wirkung erhöht
- Stereo Stereodarstellung des Moleküls

Maussteuerung (Auswahl)
Verfügbare Optionen Bedeutung
linke Maustaste Rotationsbewegung des Moleküls
rechte Maustaste Translationsbewegung des Moleküls
linke Maustaste+ Zoomen

  • https://www.rcsb.org/ 🇬🇧 - Protein-Datenbank der Forschungsgemeinschaft für strukturelle Bioinformatik (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics PDB), von welcher die Strukturdaten aller weltweit entschlüsselten Protein-Strukturen im PDB-Format aufgerufen und heruntergeladen werden können.

  • https://de.wikipedia.org/wiki/RasMol 🇩🇪 - Wikipedia-Artikel über RasMol

  • http://rasmol.org/ 🇬🇧 - Projektseite mit Online-Handbuch.

Diese Revision wurde am 14. Januar 2022 14:14 von noisefloor erstellt.
Die folgenden Schlagworte wurden dem Artikel zugewiesen: Multimedia, Edubuntu, Biologie, Bildung, Chemie