[[Vorlage(Getestet,focal, jammy)]]

{{{#!vorlage Wissen
[:Pakete installieren: Installation von Programmen]
[:Programme_starten: Starten von Programmen]
}}}

[[Inhaltsverzeichnis(1)]]

[[Bild(rasmol.png/, 72, align=left)]] RasMol {en} ist ein Programm zur Darstellung von Molekülstrukturen im PDB-Format ('''P'''rotein-'''D'''aten'''b'''ank- Format) das sich vor allem zur Darstellung von Proteinmolekülen eignet. Manche Browser (z. B. [:Firefox:]) und chemische Struktureditoren wie [:Avogadro:] unterstützen die Darstellung von PDB-Dateien zwar auch, doch bietet RasMol sehr vielfältige Darstellungsoptionen.

= Installation =
RasMol kann direkt aus den Quellen installiert werden [1] 

{{{#!vorlage Paketinstallation
rasmol
}}}


Das Programm kann dann sofort gestartet werden [2].Im Startmenü finden sich daraufhin unter der Rubrik "Bildung" zwei neue Einträge: "RasMol (GTK Version)" und "RasMol (Classic Version)". Nach der Testinstallation unter Focal (20.04 LTS) ließ sich allerdings nur die GTK-Version ausführen.

{{{#!vorlage Tabelle

[[Bild("Bildschirmfoto Rasmol1.png"/,x200, align=left)]] 
[[Bild("Bildschirmfoto Rasmol2.png"/,x200, align=left)]] 
[[Bild("Bildschirmfoto Rasmol3.png"/,x200, align=left)]] 
[[Bild("Bildschirmfoto Rasmol.png"/,x200, align=left)]] 
+++
<:>
<:>Hämoglobin als Wireframe, Eisenionen als Spacefill, Farbgebung: "Color - Chain"
<:>Hämoglobin in der Ribbon-Darstellung
<:>Wireframe in der Farbgebung "CPK"
<:>Detailausschnitt in der Darstellung "Ball & stick"
}}}

= Bedienung =
Die GTK-Version startet im Ein-Fenster-Modus. Im Hauptfenster erscheint nach Öffnen des PDB-Files eine Molekülstruktur. Mit [[Vorlage(Tasten, F7)]] wird ein Feld für die Befehlszeile eingeblendet, mit deren Hilfe man z. B. verschiedene Molekülteile selektiv auswählen kann, so dass spätere Änderungen der Darstellung sich nur auf die gewählten Teile auswirken. Die meisten Darstellungsoptionen lassen sich über das RasMol-Menü ändern.

{{{#!vorlage Tabelle
<-2 tableclass="zebra_start3" rowclass="titel" :> Kommandos für die RasMol-Befehlszeile (Auswahl)
+++
<rowclass="kopf"> Verfügbare Optionen
Bedeutung
+++
`select all`
alles auswählen
+++
`select none`
alles abwählen
+++
`select backbone`
Peptidrückgrat wählen
+++
`select sidechain`
Aminosäure-Reste wählen
+++
`select sulphur`
nur Schwefelatome wählen
+++
`select <Englischer Name des Elements>`
ein chemisches Element wählen
+++
`restrict backbone`
Darstellung auf das Peptidrückgrat beschränken
+++
`hbonds`
Wasserstoffbrücken anzeigen
+++
`ssbonds`
Disulfidbrücken anzeigen
+++
`color hbonds red`
Wasserstoffbrücken rot einfärben
}}}

{{{#!vorlage Tabelle
<-2 tableclass="start_3" rowclass="titel" :> Befehle im RasMol-Menü (Auswahl)
+++
<rowclass="kopf"> Verfügbare Optionen
Bedeutung
+++
Display
Darstellungsart
+++
`- Wireframe`
Atome und Bindungen als dünne Drähte (Standardeinstellung)
+++
`- Ball & stick`
Atome als Kugeln, Bindungen als Stäbe
+++
`- Spacefill`
Atome im Van-der-Waals-Radius
+++
`- Ribbons`
Peptidrückgrat als Band
+++
Colours
Farbgebung
+++
`- Monochrome`
einfarbig (Standard: grau)
+++
`- CPK`
Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau
+++
`- Shapely`
jede Aminosäure in einer anderen Farbe 
+++
`- Chain`
jede Peptidkette in einer anderen Farbe
+++
Options
Darstellungsoptionen
+++
`- Slab Mode`
Beim Hineinzoomen wird ein Querschnitt durchs Molekül erzeugt
+++
`- Specular`
Durch Glanzeffekte wird die 3D-Wirkung erhöht
+++
`- Stereo`
Stereodarstellung des Moleküls
}}}

{{{#!vorlage Tabelle
<-2 tableclass="zebra_start3" rowclass="titel"> Maussteuerung (Auswahl)
+++
<rowclass="kopf"> Verfügbare Optionen
Bedeutung
+++
[[Vorlage(Tasten, lmb)]]
Rotationsbewegung des Moleküls
+++
[[Vorlage(Tasten, rmb)]]
Translationsbewegung des Moleküls
+++
[[Vorlage(Tasten, lmb)]]+[[Vorlage(Tasten, Shift)]]
Zoomen
}}}


= Links =
 * [https://www.rcsb.org/] {en} - Protein-Datenbank der Forschungsgemeinschaft für strukturelle Bioinformatik (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics PDB), von welcher die Strukturdaten aller weltweit entschlüsselten Protein-Strukturen im PDB-Format aufgerufen und heruntergeladen werden können.
 * [https://de.wikipedia.org/wiki/RasMol] {de} - Wikipedia-Artikel über RasMol
 * [http://rasmol.org/] {en} - Projektseite mit Online-Handbuch.
 

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