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Avogadro

Dieser Artikel wurde für die folgenden Ubuntu-Versionen getestet:

Zum Verständnis dieses Artikels sind folgende Seiten hilfreich:

./logo.png Avogadro 🇬🇧 ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Biochemie, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. Ziel des Projekts ist es, ein Gerüst zum Visualisieren und Editieren von Molekülgeometrien zu bieten. Intern genutzt werden die Grafikbibliothek Qt, OpenGL und OpenBabel 🇬🇧, eine Bibliothek zur Umwandlung der verschiedenen Speicherformate für chemische Strukturen. Avogadro ist zudem durch eigene Plugins und Skripte erweiterbar.

Installation

avogadro.png
Avogadro

Folgendes Paket muss installiert werden [1]:

  • avogadro (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install avogadro 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://avogadro

Benutzung

Die Benutzung ist sehr intuitiv. Kugel-Stäbchen oder Kalottenmodelle von chemischen Strukturen können einfach zusammengeklickt werden. Über Erweiterungen lässt sich die Geometrie optimieren und Bindungslängen können ausgemessen werden.

Proteine

Interessant ist die Möglichkeit, Proteinstrukturen mit POV-Ray zu rendern. Hierfür die Strukturdaten (.pdb) aus der RCSB Protein Data Bank 🇬🇧 herunterladen und mit Avogadro importieren. Man wählt dann unter Ansicht "Cartoon" aus, um eine Vorschau zu erhalten. Mit "Export → POV-Ray" wird ein PNG generiert. Das Bild baut sich dann langsam auf.

Diese Revision wurde am 4. Mai 2019 16:43 von Shakesbier erstellt.
Die folgenden Schlagworte wurden dem Artikel zugewiesen: Qt, Bildung, Chemie