ubuntuusers.de

Chemie

yad/yad_logo.png Dieser Artikel stellt Programme zum Themenkreis "Chemie" vor, die in den Paketquellen vorhanden sind, oder zumindest unter Ubuntu genutzt werden können - Ergänzungen sind immer willkommen!

Periodensystem

Kalzium

Kalzium ist ein interaktives Periodensystem und Teil des KDE-Bildungsprojektes. Unter KDE4 ist der Funktionsumfang von Kalzium nochmal deutlich erweitert worden, z.B. um einen Molekülbetrachter und einen Gleichungslöser.

gPeriodic

Ein einfaches GTK-Programm ist gPeriodic 🇬🇧, das ein Periodensystem und Daten zu den Elementen in Form von Stichwortlisten anzeigt:

  • gperiodic (universe )

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install gperiodic 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://gperiodic

gElemental

./gelemental.png gElemental 🇬🇧 ist als Nachfolger von gPeriodic gedacht. Die Aufmachung ist optisch ansprechender und die Daten sind besser strukturiert. Die Datensätze beinhalten unter anderem historische, thermodynamische, elektrochemische und kristallografische Informationen und zitieren aus akademischen Fachquellen. Das Programm ist in den Paketquellen enthalten

  • gelemental (universe )

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install gelemental 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://gelemental

Strukturformeln

Editoren erleichtern die Arbeit mit komplexen Strukturformeln und erzeugen optisch ansprechende Grafiken.

BKChem

BKChem 🇬🇧 ist ein freier Editor für chemische Strukturformeln, dessen Aussehen eher schlicht gehalten ist. Er ist in Python geschrieben und in einer etwas älteren Version in den universe-Quellen enthalten. Das zu installierende Paket [1] nennt sich

  • bkchem (universe )

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install bkchem 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://bkchem

Mit dem Editor lassen sich Formeln beliebig zeichnen, C-Atome durch andere Elemente ersetzen, die Bindungen verändern und es stehen verschiedene Pfeilarten (auch flexible) zur Verfügung. Will man Bindungen nur in bestimmten Winkeln zeichnen, so gibt man die entsprechenden Winkelabschnitte an, die Richtung muss der Chemiker "mit der Hand" bestimmen. Auch werden Klammern, Rotationen in 2D und 3D und Spiegelungen unterstützt, sowie Vorlagen und die Möglichkeit, eigene Vorlagen einzubinden, geboten. Zu guter Letzt sorgt vor allem die Unterstützung vieler Dateiformate (SVG, PDF, EPS, PNG, ODG, MOL, CML) für die Einsatzmöglichkeit der erstellten in vielen verschiedenen externen Programmen.

Chemtool

./chemtool.png Chemtool 🇬🇧 ist ein recht einfaches und komfortabel zu bedienendes Zeichenprogramm. Man kann verschiedene Winkelraster als Zeichenhilfe auswählen, es gibt so ziemlich alle Linienarten für Bindungen zur Auswahl, die man als Chemiker braucht (z.B. zur Darstellung der Keilschreibweise, div. Mehrfachbindungen) und mit dem Textwerkzeug lassen sich beliebige Atomgruppen in die Zeichnung einfügen (die Minisyntax wird angezeigt). Die erstellten Bilder lassen sich in verschiedenen Formaten exportieren.

  • chemtool (universe )

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install chemtool 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://chemtool

./easychem-screen.png

Easychem

Easychem 🇬🇧 ist ein GTK-Programm, dass sich praktisch wie ein Programm zur Erstellung von Vektorgrafiken bedienen lässt. Der Fokus liegt darauf Strukturformeln in Druckqualität zu erzeugen und so lassen sich die Grafiken auch direkt in PostScript-, PDF- und Xfig-Formate exportieren.

Zur Installation dient das folgende Paket [1]:

  • easychem (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install easychem 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://easychem

./gchempaint.png

GChemPaint

GChemPaint 🇬🇧 ist ein Formeleditor für die Desktop-Umgebung GNOME 2. Die erstellen Formeln lassen sich in einem wiederverwendbaren XML-Format, aber auch als Bilder speichern. Geplant ist eine Integration in bereits vorhandene Programme wie z.B. die Textverarbeitungsprogramm Abiword. Zur Installation [1] benötigt man das Paket:

  • gchempaint (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install gchempaint 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://gchempaint

GNOME Chemistry Utils

./gcu-ps.png Die GNOME Chemistry Utils 🇬🇧 beinhalten kleine Hilfsprogramme wie einen Rechner für Molekulargewicht, 3D-Strukturbetrachter, ein Editor für Kristallstrukturen und ein Periodensystem. Sie wurden eigentlich für den Formeleditor GChemPaint entworfen, können aber auch separat vom Kernprogramm über das Paket

  • gcu-bin (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install gcu-bin 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://gcu-bin

installiert [1] werden. Sie lassen sich über das Menü "Anwendungen → Bildung" starten.

XDrawChem

./xdrawchem.png XDrawChem 🇬🇧 ist ein Strukturformeleditor, der an das kommerzielle ChemDraw angelehnt ist. Das Programm kann in verschiedenste Formate exportieren, darunter auch Bildformate. Das Programm bietet verschiedene kleine Werkzeuge zur Arbeitserleichterung an, welche allerdings meistens eine aktive Internetverbindung voraussetzen. So gibt es u.A. Molekül-Informationen über das Internet zu beziehen oder ein (grobes) 3D-Modell über einen Server zu erstellen. Praktisch sind auch die vielen, standardmäßig vorhandenen Molekülvorlagen, die sich erweitern lassen. Um XDrawChem zu benutzen, muss das Paket

  • xdrawchem (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install xdrawchem 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://xdrawchem

installiert [1] werden. Es lässt sich über das Menü "Anwendungen → Bildung" starten.

./ACDsketch.png

ACD/Labs ChemSketch

ACD/ChemSketch for Linux 🇬🇧 ist eine ältere Version des kommerziell vertriebenen ChemSketch, die gut unter Wine läuft. Nach einer Registrierung kann man sie kostenfrei herunterladen und zu privaten oder Bildungszwecken verwenden.

molSketch

MolSketch 🇬🇧 ist ein plattformübergreifendes Zeichenprogramm für chemische Strukturformeln, das die Oberfläche der KDE Desktopumgebung verwendet.

3D-Moleküle

PyMOL/PyMOL-screenshot.png

PyMOL

PyMOL ist ein Programm zur dreidimensionalen Darstellung von Proteinen und anderen Makromolekülen. Die Protein-Dateien können beispielsweise von der RCSB 🇬🇧 Website oder mit einem Plugin heruntergeladen und in PyMOL geöffnet werden.

./avogadro.png

Avogadro

Avogadro ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete.

ghemical

./ghemical-Acetylsalicylsäure.jpg Ghemical 🇬🇧 ist eine Software für rechenorientierte Chemie in C++ geschrieben mit GTK Oberfläche. Die grafische Oberfläche unterstützt sowohl quantenmechanische als auch molekular-mechanische Modelle. Geometrie-Optimierungen, Moleküldynamik und eine große Anzahl von Visualisierungswerkzeugen unter Benutzung von OpenGL sind verfügbar.

  • ghemical (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install ghemical 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://ghemical

Chimera

Chimera/gui.png

UCSF Chimera ist ein Molekülbetrachter, vergleichbar mit VMD und PyMOL. Chimera läuft unter den gängigen Betriebssystemen Linux, Windows und MacOS. Es kann sowohl atomare Modelle aus der Protein Data Bank (PDB) als auch Elektronendichtekarten (EDM) der Electron Microscopy Data Bank (EMDB) darstellen. Von der Bedienung ist es intuitiver als VMD zu benutzen. Chimera beherrscht die üblichen Darstellungsmodi wie z.B. Comic, Atomar und Oberfläche. Tutorials und Bildmaterial sind in großem Umfang auf der Projektseite vorhanden.

Datenauswertung

Gnumeric/Gnumeric.png

Gnumeric

Gnumeric ist ein GTK-Programm zur Tabellenkalkulation, dass jedoch auch gut zur statischen Analyse und zum Fitting von Graphen verwendet werden kann. Des Weiteren können alle Grafiken in Vektorformate (SVG, PDF) gespeichert werden und Tabellen nach LaTeX exportiert werden.

QtiPlot/sciDAVis

QtiPlot/qtiplot_graph.png QtiPlot ist ein Datenanalyse- und Plotter-Programm. Es ist freie Software und kann im Quellcode von der offiziellen Homepage heruntergeladen werden. Der Hersteller bietet zudem einen kommerziellen Dienst zur Erstellung von Binärpaketen und Support für diese an. Die Besonderheit an QtiPlot ist, dass es weitgehend mit dem proprietären und teuren Origin kompatibel ist und sich auch sehr ähnlich bedient.

Ein fehlerbereinigter Fork von QtiPlot ist sciDAVis, dass die Entwicklung als Community-Projekt wieder aufnehmen möchte.

Spektroskopie

./ACD-NMR_academic.png

ACD/NMR Processor Academic Edition

Mit ACD/NMR Processor Academic Edition 🇬🇧 lassen sich NMR-Spektren auswerten. Sie läuft gut unter Wine und kann nach einer Registrierung kostenfrei herunterladen und zu privaten oder Bildungszwecken verwendet werden. Die ACD/NMR Processor Academic Edition 🇬🇧 beinhaltet auch eine passende ACD/ChemSketch 🇬🇧 Version.

Diese Revision wurde am 27. September 2019 18:10 von DJKUhpisse erstellt.
Die folgenden Schlagworte wurden dem Artikel zugewiesen: unfreie Software, Bildung, Übersicht