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DICOM

DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine), auf deutsch "Digitale Bildgebung und Kommunikation in der Medizin", stellt mittlerweile den Standard für den Austausch von Bildinformationen in der Medizin dar. Untersuchungen werden zumeist nicht mehr als Film- oder Papierausdruck, sondern digital auf CD mitgegeben und liegen dann im DICOM-Format vor. In der Regel wird der CD ein Betrachtungsprogramm (Viewer) beigefügt, der üblicherweise aber unter Linux nicht lauffähig ist.

med-imaging

Für den Gesamtbereich medizinischer Bildgebung gibt es das Metapaket med-imaging [1]:

  • med-imaging (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install med-imaging 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://med-imaging

Enthalten sind u.a.

  • Aeskulap, DICOM Viewer

  • Amide für 3D-Rekonstruktionen

  • Dcmtk OFFIS DICOM toolkit zum Konvertieren von Dateien

  • Dicomnifti zum Konvertieren in das NIfTI-Format

  • Ginkgo CADx, kompletter DICOM-Viewer

  • FSLView 3D Viewer

  • ImageJ für Bildbearbeitung und Analyse

  • MedCon und (X)MedCon zum Konvertieren von DICOM Dateien

Für Zwecke der medizinischen Befundung sind die entsprechenden speziellen Anforderungen an die Bildschirme "Befundungsmonitor" zu beachten.

Bilder betrachten (Viewer)

Möchte man sich diese Bilder lediglich anschauen können, benötigt man einen DICOM-Betrachter. Es gibt eine Vielzahl von Programmen zum Betrachten von DICOM-Bildern auch für Linux, mit denen alle Bilder hintereinander eingeladen und angezeigt werden können. Auch GIMP kann verwendet werden.

dcm4che

Wer einfach nur die DICOM Bilder auf seiner CD (oder einem Verzeichnis) ansehen möchte, ist vermutlich bei dcm4che gut aufgehoben. Das Programm ist allerdings nicht in den Paketquellen, sondern muss von dcm4che ⮷ unter "Files->dcm4che3" heruntergeladen und entpackt werden. (Wer es selbst kompilieren möchte kann den Quelltext von github beziehen)

Hinweis!

Fremdsoftware kann das System gefährden.

Nach dem Entpacken kann man mit einem Doppelklick auf viewer-linux.sh das Programm ausführen. Anschließend kann man unter "File → Import" direkt die DICOM Dateien von einer CD oder einem Verzeichnis anzeigen lassen.

Aeskulap

./Wiki_Aeskulap_neu2.png
Aeskulap

Im Metapaket med-imaging enthalten oder als Einzelpaket installierbar [1]:

  • aeskulap (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install aeskulap 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://aeskulap

Das Programm ist dann unter "Graphik → Aeskulap Betrachter" zu finden.

  • Die Funktionen "Suchen" und "Filter löschen" setzen voraus, dass ein "DICOM Dir" vorhanden ist, ein Verzeichnis, in welchem (Patienten) Daten registriert sind.

  • Mit dem Menüpunkt "Dicom Dir" wird nach genau solchen Dateien gesucht, z.B. auf einer CD.

  • Der Menüpunkt "Öffnen" erlaubt, direkt Dateien zu finden, allerdings sucht das Programm standardmäßig nach "Dicom.dir", so dass man den voreingestellten Filter von "Dicom Dateien" auf "Alle Dateien" umstellen muss. Durch Auswahl aller Einzelbilder wird eine Serie komplett eingeladen und kann durchgeblättert werden. Zoom und Heller/Dunkler Funktionen sind implementiert.

Ginkgo CADx

Das Programm Ginkgo CADx 🇬🇧 ist im Metapaket med-imaging enthalten oder kann einzeln installiert werden [1]:

  • ginkgocadx (universe, ab 18.04)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install ginkgocadx 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://ginkgocadx

Das Programm ist dann unter "Sonstiges → Ginkgo Dicom" zu finden. Das Programm ist einfach zu bedienen und bietet einen kompletten DICOM-Viewer mit einem Funktionsumfang, der OsiriX nahe kommt.

  • Volle DICOM-Image Darstellung

  • 3D-Rekonstruktionen

  • Komplettes Set mit Bearbeitungswerkzeugen (Ausmessen, Winkel, HE-Werte, Markieren, Text, ...)

  • Dicom-Datensatz-Erstellung für JPEG, PNG, GIF und TIFF

  • Unterstützung von elektronischen Krankenblättern (HL7 Standards, IHE-konform)

  • PACS-Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...)

  • Erweiterbar für Spezialgebiete:

    • Oftalmologie (Retinal image mosaic composition, Automatic retinal analysis diagnostics)

    • Psoriasis Diagnostik

Bilder bearbeiten (Dekomprimieren und Konvertieren)

Standardmäßig liegen DICOM-Bilder in einem komprimierten Format und als Einzeldateien vor.

./Wiki_xmedcon_ind.png
(X)MedCon

MedCon

(X)MedCon 🇬🇧 liegt in zwei Varianten vor. Hierzu müssen folgende Pakete installiert werden [1]:

  • medcon (universe, Kommandozeilenversion)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install medcon 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://medcon

oder

  • xmedcon (universe, grafische Benutzeroberfläche, kann Dateien nur einzeln konvertieren)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install xmedcon 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://xmedcon

Empfehlenswert ist die Kommandozeilenversion, da diese auch mehrere Dateien bearbeiten kann. Dieses Programm bietet u.a. die Optionen

Optionen
ParameterBeschreibung
-f zum Lesen von Dateien
-anon zum Anonymisieren
-c zum Konvertieren
-crop <x>:<y>:<w>:<h> zum Beschneiden

wobei x/y Bildkoordinaten links oben, w/h Breite und Höhe darstellen.

dcmdjpeg

Alternativ gibt es das Programm dcmdjpeg, enthalten in folgendem Paket [1]:

  • dcmtk (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install dcmtk 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://dcmtk

Im Terminal [4] muss dann der Befehl in folgender Syntax ausgeführt werden:

dcmdjpeg [OPTIONEN] dcmfile-in dcmfile-out -f * ?? 

In normale Bildformate konvertieren

Dadurch gehen natürlich außer dem reinen Bild alle weiteren Informationen wie Patientendaten, technische Parameter usw. verloren.

  • in das PNG-Format umwandeln:

    medcon -c png -f DATEI 

Konvertieren in DICOM-NIfTI-Format

Mit MedCon:

medcon -c nifti -f * 

Alternativ kann man das Programm DICOM to NIfTI Converter 🇬🇧 einsetzen. Folgendes Paket wird benötigt:

  • dicomnifti (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install dicomnifti 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://dicomnifti

Die Syntax lautet:

dinifti ORIGINALDATEI AUSGABEDATEI 

Rohdaten - unkomprimierte Dateien erzeugen

  • erzeugt binäre RAW Files [4]:

    medcon -c bin -f * 
  • erzeugt ASCII-RAW-Dateien:

    medcon -c ascii -f * 

Bildbearbeitung und Analyse

ImageJ

ImageJ 🇬🇧 ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]:

  • imagej (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install imagej 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://imagej

Das Programm ist unter "Graphik → Imagej" zu finden und benötigt unkomprimiertes DICOM = Rohdaten = RAW (3).

3D-Stapel erzeugen

Möchte man aus einer Bilderserie dreidimensionale Rekonstruktionen vornehmen, d.h. verschiedene Bildebenen des Datensatzes anschauen, müssen die einzelnen DICOM-Bilder in einen 3D-Stapel zusammengeführt werden. Dazu kann man wiederum MedCon in der Kommandozeilenversion einsetzen:

medcon -f * -c dicom -stack3d -n -qc  

ergibt DATEINAME-STACKS.dcm [4]

medcon -c nifti -f  DATEINAME-STACKS.dcm  

ergibt einen Stapel DATEINAME-STACKS.nii im NIfTI-Format. Siehe auch die MedCon Dokumentation 🇬🇧.

3D-Rekonstruktionen vornehmen

Amide

Amide 🇬🇧 steht für "Advanced Medical Imaging Development" und ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]:

  • amide (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install amide 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://amide

Das Programm ist zu finden unter "Graphik → Amide" und erlaubt ROI-Auswertung, Beschneiden, Volumenrendering sowie Stereoskopie.

FSLView

./Wiki_FSLView-.png
FSLView

FSLView 🇬🇧 findet sich in den offiziellen Paketquellen und ist im genannten med-imaging-Paket enthalten, kann aber auch als einzelnes Paket installiert [1] werden:

  • fslview (universe)

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install fslview 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://fslview

Benötigt Dateien im NIfTI-Format als Stapel (Stack). Da diese meist nicht standardmäßig vorliegen, müssen die o.g. Umwandlungen vorgenommen werden.

Slicer

Slicer 🇬🇧 enthält eine ausführliche Anleitung mit Demodatensätzen und zahlreiche Erweiterungen. Von der Webseite ⮷ kann für Linux ein .tar.gz-Archiv für 64-bit-Versionen heruntergeladen werden.

Hinweis!

Fremdsoftware kann das System gefährden.

Nach Entpacken [5] kann das Programm durch Doppelklick auf slicer im entpackten Verzeichnis gestartet werden. Es empfiehlt sich, einen Menüeintrag anzulegen. Die Programmoberfläche ist Englisch.

./Wiki_MeVisLab-.png
MeVisLab

MeVisLab

Von MeVisLab 🇬🇧 kann als selbstextrahierendes Archiv ausschließlich für 64-bit-Systeme als MeVisLabSDK-VERSION.bin herunter geladen werden (ca. 800 MiB). Laut Hersteller wurde das Programm unter Ubuntu 12.04 getestet. Dies Programm ist offenbar vornehmlich für Entwickler gedacht. Bilder können über das Modul "Dicomimport" hinzugefügt werden. Das Programm verfügt über einen eigenen Installer und einen eigenen Uninstaller, der sauber aufräumt.

Hinweis!

Fremdsoftware kann das System gefährden.

Diese Installationsdatei muss ausführbar gemacht werden[6]

chmod u+x MeVisLabSDK*.bin 

und wird anschließend ausgeführt mit

./MeVisLabSDK*.bin 

Diese Revision wurde am 5. Februar 2020 23:22 von Heinrich_Schwietering erstellt.
Die folgenden Schlagworte wurden dem Artikel zugewiesen: Grafik, Bildung, Multimedia, Übersicht