[[Vorlage(Getestet, noble)]]

{{{#!vorlage Wissen
[:Pakete_installieren: Installation von Programmen aus den Ubuntu Paketquellen] 
}}}
[[Inhaltsverzeichnis(1)]]

[[Bild(./logo.png, 48, align=left)]] 
[http://avogadro.openmolecules.net/ Avogadro] {en} ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Biochemie, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. Ziel des Projekts ist es, ein Gerüst zum Visualisieren und Editieren von Molekülgeometrien zu bieten. Intern genutzt werden die Grafikbibliothek [:Qt:], OpenGL und [http://openbabel.org OpenBabel] {en}, eine Bibliothek zur Umwandlung der verschiedenen Speicherformate für chemische Strukturen. Avogadro ist zudem durch eigene Plugins und Skripte erweiterbar.

= Installation =
[[Vorlage(Bildunterschrift, avogadro.png, 300, "Avogadro", right)]]
Folgendes Paket muss installiert werden [1]:

{{{#!vorlage Paketinstallation
avogadro, universe
}}}

= Benutzung =
Die Benutzung ist sehr intuitiv. Kugel-Stäbchen oder Kalottenmodelle von chemischen Strukturen können einfach zusammengeklickt werden. Über Erweiterungen lässt sich die Geometrie optimieren und Bindungslängen können ausgemessen werden.

== Proteine ==
Interessant ist die Möglichkeit, Proteinstrukturen mit POV-Ray zu rendern. Hierfür die Strukturdaten ('''.pdb''') aus der [http://www.rcsb.org/pdb/ RCSB Protein Data Bank] {en} herunterladen und mit Avogadro importieren. Man wählt dann unter Ansicht ''"Cartoon"'' aus, um eine Vorschau zu erhalten. Mit ''"Export -> POV-Ray"'' wird ein PNG generiert. Das Bild baut sich dann langsam auf.

= Links =
 * [http://www.linux-magazin.de/Heft-Abo/Ausgaben/2009/04/Projektekueche Projekteküche - Avogadro] {de} - Linux-Magazin, 04/2009
 * [:Chemie:] {Übersicht} Programmübersicht

#tag: Chemie, Bildung, Qt