dcm4che¶

Wer einfach nur die DICOM Bilder auf seiner CD (oder einem Verzeichnis) ansehen möchte, ist vermutlich bei dcm4che gut aufgehoben. Das Programm ist allerdings nicht in den Paketquellen, sondern muss von dcm4che ⮷ unter "Files->dcm4che3" heruntergeladen und entpackt werden. (Wer es selbst kompilieren möchte kann den Quelltext von github beziehen)

Nach dem Entpacken kann man mit einem Doppelklick auf viewer-linux.sh das Programm ausführen. Anschließend kann man unter "File → Import" direkt die DICOM Dateien von einer CD oder einem Verzeichnis anzeigen lassen.

Aeskulap¶

Aeskulap

Im Metapaket med-imaging enthalten oder als Einzelpaket installierbar ^[1]:

• aeskulap (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install aeskulap 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://aeskulap

Das Programm ist dann unter "Graphik → Aeskulap Betrachter" zu finden.

• Die Funktionen "Suchen" und "Filter löschen" setzen voraus, dass ein "DICOM Dir" vorhanden ist, ein Verzeichnis, in welchem (Patienten) Daten registriert sind.

• Mit dem Menüpunkt "Dicom Dir" wird nach genau solchen Dateien gesucht, z.B. auf einer CD.

• Der Menüpunkt "Öffnen" erlaubt, direkt Dateien zu finden, allerdings sucht das Programm standardmäßig nach "Dicom.dir", so dass man den voreingestellten Filter von "Dicom Dateien" auf "Alle Dateien" umstellen muss. Durch Auswahl aller Einzelbilder wird eine Serie komplett eingeladen und kann durchgeblättert werden. Zoom und Heller/Dunkler Funktionen sind implementiert.

Ginkgo CADx¶

Das Programm Ginkgo CADx 🇬🇧 ist im Metapaket med-imaging enthalten oder kann einzeln installiert werden ^[1]:

• ginkgocadx (universe, ab 18.04)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install ginkgocadx 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://ginkgocadx

Das Programm ist dann unter "Sonstiges → Ginkgo Dicom" zu finden. Das Programm ist einfach zu bedienen und bietet einen kompletten DICOM-Viewer mit einem Funktionsumfang, der OsiriX nahe kommt.

• Volle DICOM-Image Darstellung

• 3D-Rekonstruktionen

• Komplettes Set mit Bearbeitungswerkzeugen (Ausmessen, Winkel, HE-Werte, Markieren, Text, ...)

• Dicom-Datensatz-Erstellung für JPEG, PNG, GIF und TIFF

• Unterstützung von elektronischen Krankenblättern (HL7 Standards, IHE-konform)

• PACS-Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...)

• Erweiterbar für Spezialgebiete:

  • Ophthalmologie (Retinal image mosaic composition, Automatic retinal analysis diagnostics)

  • Psoriasis Diagnostik

MedCon¶

(X)MedCon 🇬🇧 liegt in zwei Varianten vor. Hierzu müssen folgende Pakete installiert werden ^[1]:

• medcon (universe, Kommandozeilenversion)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install medcon 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://medcon

oder

• xmedcon (universe, grafische Benutzeroberfläche, kann Dateien nur einzeln konvertieren)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install xmedcon 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://xmedcon

Empfehlenswert ist die Kommandozeilenversion, da diese auch mehrere Dateien bearbeiten kann. Dieses Programm bietet u.a. die Optionen

wobei x/y Bildkoordinaten links oben, w/h Breite und Höhe darstellen.

dcmdjpeg¶

Alternativ gibt es das Programm dcmdjpeg, enthalten in folgendem Paket ^[1]:

• dcmtk (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install dcmtk 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://dcmtk

Im Terminal ^[4] muss dann der Befehl in folgender Syntax ausgeführt werden:

dcmdjpeg [OPTIONEN] dcmfile-in dcmfile-out -f * ?? 

In normale Bildformate konvertieren¶

Dadurch gehen natürlich außer dem reinen Bild alle weiteren Informationen wie Patientendaten, technische Parameter usw. verloren.

• in das PNG-Format umwandeln:

  medcon -c png -f DATEI 

Konvertieren in DICOM-NIfTI-Format¶

Mit MedCon:

medcon -c nifti -f * 

Alternativ kann man das Programm DICOM to NIfTI Converter 🇬🇧 einsetzen. Folgendes Paket wird benötigt:

• dicomnifti (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install dicomnifti 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://dicomnifti

Die Syntax lautet:

dinifti ORIGINALDATEI AUSGABEDATEI 

Rohdaten - unkomprimierte Dateien erzeugen¶

• erzeugt binäre RAW Files ^[4]:

  medcon -c bin -f * 

• erzeugt ASCII-RAW-Dateien:

  medcon -c ascii -f * 

ImageJ¶

ImageJ 🇬🇧 ist auch als einzelnes Paket installierbar ^[1]:

• imagej (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install imagej 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://imagej

Das Programm ist unter "Graphik → Imagej" zu finden und benötigt unkomprimiertes DICOM = Rohdaten = RAW (3).

Amide¶

Amide 🇬🇧 steht für "Advanced Medical Imaging Development" und ist auch als einzelnes Paket installierbar ^[1]:

• amide (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install amide 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://amide

Das Programm ist zu finden unter "Graphik → Amide" und erlaubt ROI-Auswertung, Beschneiden, Volumenrendering sowie Stereoskopie.

FSLView¶

FSLView

FSLView 🇬🇧 findet sich in den offiziellen Paketquellen und ist im genannten med-imaging-Paket enthalten, kann aber auch als einzelnes Paket installiert ^[1] werden:

• fslview (universe)

Befehl zum Installieren der Pakete:

sudo apt-get install fslview 

Oder mit apturl installieren, Link: apt://fslview

Benötigt Dateien im NIfTI-Format als Stapel (Stack). Da diese meist nicht standardmäßig vorliegen, müssen die o.g. Umwandlungen vorgenommen werden.

Slicer¶

Slicer 🇬🇧 enthält eine ausführliche Anleitung mit Demodatensätzen und zahlreiche Erweiterungen. Von der Webseite ⮷ kann für Linux ein .tar.gz-Archiv für 64-bit-Versionen heruntergeladen werden.

Nach Entpacken ^[5] kann das Programm durch Doppelklick auf slicer im entpackten Verzeichnis gestartet werden. Es empfiehlt sich, einen Menüeintrag anzulegen. Die Programmoberfläche ist Englisch.

MeVisLab

MeVisLab¶

Von MeVisLab 🇬🇧 kann als selbstextrahierendes Archiv ausschließlich für 64-bit-Systeme als MeVisLabSDK-VERSION.bin herunter geladen werden (ca. 800 MiB). Laut Hersteller wurde das Programm unter Ubuntu 12.04 getestet. Dies Programm ist offenbar vornehmlich für Entwickler gedacht. Bilder können über das Modul "Dicomimport" hinzugefügt werden. Das Programm verfügt über einen eigenen Installer und einen eigenen Uninstaller, der sauber aufräumt.

Diese Installationsdatei muss ausführbar gemacht werden^[6]

chmod u+x MeVisLabSDK*.bin 

und wird anschließend ausgeführt mit

./MeVisLabSDK*.bin 

Fehler beim Einloggen nach der Deinstallation von med-imaging¶

Nach der Deinstallation von med-imaging mittels des Befehls

sudo apt-get purge med-imaging 

kann es unter Ubuntu 18.04 LTS zu Problemen kommen. Mehr dazu im Forum ^[4]

Abhilfe schafft hier oft folgender Befehl:

sudo mv /etc/profile.d/modules.sh /etc/profile.d/modules.sh-unused 

Diese Änderung lässt sich mit folgendem Befehl einfach wieder rückgängig machen:

sudo mv /etc/profile.d/modules.sh-unused /etc/profile.d/modules.sh