[[Vorlage(Getestet, Focal)]] {{{#!vorlage Wissen [:Terminal: Ein Terminal öffnen] [:Rechte: Rechte für Dateien und Ordner ändern] [:sudo: Root-Rechte] }}} [[Inhaltsverzeichnis(1)]] [[Bild(./chimera_logo.png, 48, align=left)]] [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera] {en} ist ein Molekülbetrachter, vergleichbar mit [:VMD:] und [:PyMOL:], der an der [https://www.ucsf.edu/ University of California San Francisco] {en} in [wikipedia:C%2B%2B:C++] und [:Python:] entwickelt wird. Das Programm kann sowohl atomare Modelle aus der [wikipedia:Protein_Data_Bank:Protein Data Bank] (PDB) als auch Elektronendichtekarten (EDM) der [http://www.ebi.ac.uk/msd/emdb/ Electron Microscopy Data Bank] {en} (EMDB) darstellen. Es beherrscht die üblichen Darstellungsmodi wie z. B. Comic, Atomar und Oberfläche. Tutorials und Bildmaterial werden in großem Umfang auf der Projektseite bereitgestellt. Chimera läuft unter den gängigen Betriebssystemen Linux, Windows und Mac OS X. In der Bedienung ist es intuitiver als [:VMD:], allerdings gibt es die Software derzeit ausschließlich in englischer Sprache. Für den nicht kommerziellen Einsatz ist das Programm kostenlos. Der kommerzielle Einsatz dagegen setzt eine gesonderte Lizenzvereinbarung voraus. = Voraussetzungen = Es wird ein Grafikkartentreiber vorausgesetzt, der die 3D-Beschleunigung für [wikipedia:OpenGL:] unterstützt. Der steht für alle gängigen [:Grafikkarten:] unter Ubuntu zur Verfügung. = Installation = [[Bild(gui.png, 300, right)]] Chimera ist nicht in den offiziellen Paketquellen enthalten. Allerdings wird für 64-Bit-Systeme ein Installationsassistent auf der [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html Downloadseite des Projekts] {dl} bereitgestellt, der im Terminal [1] ausgeführt wird. [[Vorlage(Fremd, Software, "")]] Der Installationsassistent muss nach dem Herunterladen ausführbar [2] gemacht werden: [1] {{{#!vorlage Befehl chmod +x ./chimera-VERSIONSNUMMER-linux-ARCH.bin }}} == Systemweite Installation == Wenn Chimera systemweit für alle Benutzer installiert werden soll, dann muss der Installationsassistent mit administrativen Rechten [3] gestartet werden: [1] {{{#!vorlage befehl sudo ./chimera-VERSIONSNUMMER-linux-ARCH.bin }}} Während des Installationsvorgangs werden einige Konfigurationsmöglichkeiten angeboten (hier jeweils mit Standardkonfiguration): {{{ Enter install location: /opt/UCFS/ChimeraARCH-VERSION }}} Die Standardkonfiguration des Installationsverzeichnisses ist empfehlenswert oder es sollte ebenfalls ein Verzeichnis in [:Verzeichnisstruktur/#opt:/opt] sein - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Install desktop menu (icon has to be done by user)? yes }}} Installiert bei Bedarf den [:Programmstarter:] '''/usr/share/applications/UCSF-ChimeraARCH-VERSION.desktop''' für einen Menüeintrag und das Programmicon '''/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/UCSF-Chimera.png''' - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Install symbolic link to chimera executable for commandline use in which directory? 0 -- no link 2 -- /usr/local/bin }}} Setzt bei Bedarf eine [:ln:symbolischen Verknüpfung] der ausführbaren Datei in ein Verzeichnis, das in [:Umgebungsvariable/#PATH-erweitern:PATH] hinterlegt ist. Damit kann man das Programm im Terminal [1] ohne Pfadangabe ausführen - [[Vorlage(Tasten, 0)]], [[Vorlage(Tasten, 1)]], [[Vorlage(Tasten, 2)]] usw. Empfohlen wird dafür [:Verzeichnisstruktur/#usr/local:/usr/local/bin]. {{{ Create unversioned link to chimera executable in the same directory? yes }}} Standardmäßig wird die symbolische Verknüpfung der ausführbaren Datei auf '''chimera-VERSION''' gesetzt. Hiermit kann zusätzlich eine unversionierte Verknüfung auf '''chimera''' eingerichtet werden - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Installation is done; press return. }}} Wenn die Installation erfolgreich durchgelaufen ist, kann der Installationsassistent durch erneutes Drücken der Taste [[Vorlage(Tasten, Enter)]] beendet werden. == Installation im Homeverzeichnis (empfohlen) == Chimera kann direkt im [:Homeverzeichnis:] eines Benutzers installiert werden, was insbesondere für Einzelbenutzersysteme sehr zu empfehlen ist. Dafür kann der Installationsassistent ohne zusätzliche administrative Rechte gestartet werden: [1] {{{#!vorlage befehl ./chimera-VERSIONSNUMMER-linux-ARCH.bin }}} Während des Installationsvorgangs werden einige Konfigurationsmöglichkeiten angeboten (hier jeweils mit Standardkonfiguration): {{{ Enter install location: ~/.local/UCFS-ChimeraARCH-VERSION }}} Die Standardkonfiguration des Installationsverzeichnisses gibt ein verstecktes Verzeichnis vor und man sollte stattdessen ein anderes Verzeichnis verwenden; bspw. '''~/Anwendungen/chimera-VERSION/''' - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Install desktop menu and icon? yes }}} Installiert bei Bedarf den [:Programmstarter:] '''~/.local/share/applications/UCSF-ChimeraARCH-VERSION.desktop''' für einen Menüeintrag, eine Desktopverknüpfung und das Programmicon '''~/.local/share/icons/hicolor/48x48/apps/UCSF-Chimera.png''' - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Install symbolic link to chimera executable for commandline use in which directory? 0 -- no link 1 -- /home/BENUTZER/bin }}} Setzt bei Bedarf eine [:ln:symbolischen Verknüpfung] der ausführbaren Datei in ein Verzeichnis, das in [:Umgebungsvariable/#PATH-erweitern:PATH] hinterlegt ist. Damit kann man das Programm im Terminal [1] ohne Pfadangabe ausführen - [[Vorlage(Tasten, 0)]], [[Vorlage(Tasten, 1)]] usw. Im Homeverzeichnis sollte dafür das Verzeichnis '''~/bin''' angelegt werden. Das Verzeichnis muss bereits existieren, weil der Installationsassistent die Verknüpfung sonst nicht setzen kann. Das kann vor der Bestätigung dieses Installationsschritts noch nachgeholt werden. {{{ Create unversioned link to chimera executable in the same directory? yes }}} Standardmäßig wird die symbolische Verknüpfung der ausführbaren Datei auf '''chimera-VERSION''' gesetzt. Hiermit kann zusätzlich eine unversionierte Verknüfung für '''chimera''' eingerichtet werden - [[Vorlage(Tasten, Enter)]] {{{ Installation is done; press return. }}} Wenn die Installation erfolgreich durchgelaufen ist, kann der Installationsassistent durch erneutes Drücken der Taste [[Vorlage(Tasten, Enter)]] beendet werden. == Programmstart == Sofern bei der Installation der notwendige Programmstarter angelegt wurde, kann Chimera über ein Anwendungsmenü unter dem Menüpunkt ''"UCSF Chimäre VERSION"'' aufgerufen werden. Bei der Installation ins Homeverzeichnis steht zusätzlich eine Desktopverknüpfung zur Verfügung. Wurde die symbolische Verknüpfung gesetzt, kann das Programm ohne zusätzliche Pfadangabe im Terminal gestartet werden: [1] {{{#!vorlage befehl chimera-VERSION }}} Oder über die unversionierte Verknüpfung: {{{#!vorlage befehl chimera }}} Hat man bei der Installation weder den Programmstarter noch die Verknüpfungen einrichten lassen, kann das Programm aus dem Installationsverzeichnis heraus aufgerufen werden: [1] {{{#!vorlage befehl /opt/UCSF/ChimeraARCH-VERSION/bin/chimera ~/Anwendungen/chimera-VERSION/bin/chimera }}} = Verwendung = [[Bild(model_panel.png,250, right)]] Die Navigation des Molekülbetrachters ist recht intuitiv gehalten. Es gibt eine Menüleiste mit Zugriff auf alle Funktionen. Mit der linken Maustaste [[Vorlage(Tasten, lmb)]] können die geladenen Objekte im Ansichtsfenster gedreht werden. Die rechte Maustaste [[Vorlage(Tasten, rmb)]] und das Mausrad sind für den Zoom zuständig. Die mittlere Maustaste [[Vorlage(Tasten, mmb)]] verschiebt Objekte. Arbeitet man mit mehreren Objekten auf einmal kann über ''"Tools"'' → ''"General Controls"'' → ''"Model Panel"'' ein Dialogfenster geöffnet werden, in dem Sichtbarkeit und Aktivität der einzelnen Objekte ein- und ausschaltet werden können. = Problembehebung = == Deinstallation == Da Chimera mit dem Installationsassistenten an der [:Paketverwaltung:] vorbei installiert wird, ist für die Deinstallation etwas Handarbeit notwendig. Im Installationsverzeichnis findet sich ein Deinstallationsskript, das allerdings nicht alle Dateien entfernt. Als Beispiel werden hier die empfohlenen Pfade aus der [#Installation Installation] verwendet. Systemweite Deinstallation: {{{#!vorlage befehl sudo /opt/UCFS/ChimeraARCH-VERSION/bin/uninstall sudo rm -r /opt/UCFS sudo rm /usr/local/bin/chimera /usr/local/bin/chimera-VERSION sudo rm /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/UCSF-Chimera.png }}} Deinstallation aus dem Homeverzeichnis: {{{#!vorlage befehl ~/Anwendungen/chimera-VERSION/bin/uninstall rm ~/bin/chimera ~/bin/chimera-VERSION rm ~/.local/share/icons/hicolor/48x48/apps/UCSF-Chimera.png }}} = Links = * [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Projektseite] {en} * [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/licensing.html Lizenz] {en} * [http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do Protein Data Base] (PDB) {en} * [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2540/docs/UsersGuide/index.html Online Dokumentation] {en} * [:Chemie:] {Übersicht} Programmübersicht # tag: Bildung, unfreie Software, Wissenschaft