Avogadro
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Avogadro 🇬🇧 ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Biochemie, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. Ziel des Projekts ist es, ein Gerüst zum Visualisieren und Editieren von Molekülgeometrien zu bieten. Intern genutzt werden die Grafikbibliothek Qt, OpenGL und OpenBabel 🇬🇧, eine Bibliothek zur Umwandlung der verschiedenen Speicherformate für chemische Strukturen. Avogadro ist zudem durch eigene Plugins und Skripte erweiterbar.
Installation¶
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| Avogadro |
Folgendes Paket muss installiert werden [1]:
avogadro (universe)
Befehl zum Installieren der Pakete:
sudo apt-get install avogadro
Oder mit apturl installieren, Link: apt://avogadro
Benutzung¶
Die Benutzung ist sehr intuitiv. Kugel-Stäbchen oder Kalottenmodelle von chemischen Strukturen können einfach zusammengeklickt werden. Über Erweiterungen lässt sich die Geometrie optimieren und Bindungslängen können ausgemessen werden.
Proteine¶
Interessant ist die Möglichkeit, Proteinstrukturen mit POV-Ray zu rendern. Hierfür die Strukturdaten (.pdb) aus der RCSB Protein Data Bank 🇬🇧 herunterladen und mit Avogadro importieren. Man wählt dann unter Ansicht "Cartoon" aus, um eine Vorschau zu erhalten. Mit "Export → POV-Ray" wird ein PNG generiert. Das Bild baut sich dann langsam auf.
Links¶
Projekteküche - Avogadro 🇩🇪 - Linux-Magazin, 04/2009
Chemie Programmübersicht