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Zum Verständnis dieses Artikels sind folgende Seiten hilfreich:

  1. Installation von Programmen

  2. Ein einzelnes Paket installieren

  3. Pakete aus dem Quellcode erstellen

  4. Ein Terminal öffnen

  5. Archive entpacken

  6. Rechte für Dateien und Ordner ändern

Inhaltsverzeichnis
  1. med-imaging
  2. Bilder Betrachten (Viewer)
    1. Aeskulap
    2. GIMP
    3. XnView
  3. Bilder bearbeiten (Dekomprimieren und Kon...
    1. medcon
    2. xmedcon
    3. dcmdjpeg
    4. In normale Bildformate konvertieren
    5. Konvertieren in DICOM-Nifti-Format
    6. Rohdaten - unkomprimierte Dateien erzeug...
  4. Bildbearbeitung und Analyse
    1. ImageJ
  5. 3D-Stapel erzeugen
  6. 3D-Rekonstruktionen vornehmen
    1. Amide
    2. FSLView
    3. Slicer
    4. MeVisLab
  7. Links
    1. DICOM
    2. Viewer
    3. medcon
    4. DICOMnifti
    5. ImageJ
    6. FSLView
    7. Slicer

DICOM, Digital Imaging and Communications in Medicine, auf deutsch Digitale Bildgebung und Kommunikation in der Medizin, stellt mittlerweile den Standard dar für den Austausch von Bildinformationen in der Medizin. Untersuchungen werden zumeist nicht mehr als Film- oder Papierausdruck, sondern digital auf CD mitgegeben und liegen dann im DICOM-Format vor. In der Regel wird der CD ein Betrachtungsprogramm, ein Viewer, beigefügt, der üblicherweise aber unter Linux nicht lauffähig ist.

med-imaging

Für den Gesamtbereich medizinischer Bildgebung gibt es das Metapaket med-imaging [1]:

  • med-imaging (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Enthalten sind u.a.

  • Aeskulap, DICOM Viewer

  • Amide für 3D-Rekonstruktionen

  • Dcmtk OFFIS DICOM toolkit zum Konvertieren von Dateien

  • Dicomnifti zum Konvertieren in nifti Format

  • FSLView 3D Viewer

  • Imagej Tool für Bildbearbeitung und Analyse

  • Medcon und xmedcon zum Konvertieren von DICOM Dateien, letzteres graphisch

Für Zwecke der medizinischen Befundung sind die entsprechenden speziellen Anforderungen an die Bildschirme "Befundungsmonitor" zu beachten, siehe auch bfs.de {de}

Bilder Betrachten (Viewer)

Möchte man sich diese Bilder lediglich anschauen können, benötigt man einen DICOM-Betrachter.

Es gibt eine Vielzahl von Viewern zum Betrachten von DICOM-Bildern auch für Linux, mit denen alle Bilder hintereinander eingeladen und angezeigt werden können.

./Wiki_Aeskulap_neu2.png
Aeskulap

Aeskulap

In den Quellen vorhanden sowie im Metapaket med-imaging enthalten.

Folgendes Paket muss installiert werden [1]:

  • aeskulap (universe)

  • dcmtk (universe, nur unter Ubuntu 8.04 (LTS) extra zu installieren, siehe 229681, kommt sonst automatisch mit)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Das Programm ist dann unter "Graphik -> Aeskulap Betrachter" zu finden.

Die Funktionen "Suchen" und "Filter löschen" setzen voraus, dass ein "DICOM Dir" vorhanden ist, ein Verzeichnis, in welchem (Patienten) Daten registriert sind.

Mit dem Menüpunkt "Dicom Dir" wird nach genau solchen Dateien gesucht, z.B. auf einer CD.

Der Menüpunkt "Öffnen" erlaubt, direkt Dateien zu finden, allerdings sucht das Programm standardmäßig nach "Dicom.dir", so dass man den voreingestellten Filter von "Dicom Dateien" auf "Alle Dateien" umstellen muss. Durch Auswahl aller Einzelbilder wird eine Serie komplett eingeladen und kann durchgeblättert werden. Zoom und Heller/Dunkler Funktionen sind implementiert.

./Wiki_xmedcon_ind.png
medcon

GIMP

Um mit GIMP DICOM-Dateien öffnen zu können, muss das folgende Paket installiert [1] werden.

  • gimp-dbg (security)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

XnView

Die Version XnViewMP liest standardmäßig keine Dicom-Dateien, wohl aber das "normale" XnView

Bilder bearbeiten (Dekomprimieren und Konvertieren)

Standardmäßig liegen DICOM-Bilder in einem komprimierten Format und als Einzeldateien vor.

medcon

Hierfür wird das Konsolenprogramm [4] medcon benötigt [1].

  • medcon (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Dieses Programm bietet u.a. die Optionen

Optionen
ParameterBeschreibung
-f zum Lesen von Dateien
-anon zum Anonymisieren
-c zum Konvertieren
-crop <x>:<y>:<w>:<h> zum Beschneiden

wobei x/y Bildkoordinaten links oben, w/h Breite und Höhe darstellen

xmedcon

Es gibt medcon auch mit graphischer Benutzeroberfläche, das kann aber Dateien nur einzeln konvertieren.Hierzu muss installiert werden [1]:

  • xmedcon (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Aufruf erfolgt über die Konsole/das Terminal.

dcmdjpeg

Alternativ gibt es das Programm dcmdjpeg, enthalten im Paket dcmtk [1].

  • dcmtk (universe)

  • dcmtk-doc (optional)

  • dcmtk-www (optional)

  • libdcmtk1 (optional)

  • libdcmtk1-dev (optional)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Paketliste zum Kopieren: 

sudo apt-get install dcmtk dcmtk-doc dcmtk-www libdcmtk1 libdcmtk1-dev 

sudo aptitude install dcmtk dcmtk-doc dcmtk-www libdcmtk1 libdcmtk1-dev

Im Terminal [4] muss dann der Befehl in folgender Syntax ausgeführt werden: 

dcmdjpeg [OPTIONEN] dcmfile-in dcmfile-out –f * ??

In normale Bildformate konvertieren

Dadurch gehen natürlich außer dem reinen Bild alle weiteren Informationen wie Patientendaten, technische Parameter usw. verloren.

medcon –c png –f <file>

erzeugt Bilder im png-Format [4]

Konvertieren in DICOM-Nifti-Format

Medcon –c „nifti“ –f *

Alternativ mit dem Programm Dicomnifti mit der Syntax

dinifti <input> <output>

Rohdaten - unkomprimierte Dateien erzeugen

medcon -c "bin" -f *

erzeugt binäre RAW Files [4] 

medcon -c "ascii" -f *

erzeugt ascii RAW Files

Bildbearbeitung und Analyse

ImageJ

Auch als einzelnes Paket installierbar [1]:

  • imagej (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Das Programm ist unter "Graphik -> Imagej" zu finden und benötigt unkomprimiertes DICOM = Rohdaten = RAW (3)

3D-Stapel erzeugen

Möchte man aus einer Bilderserie dreidimensionale Rekonstruktionen vornehmen, d.h. verschiedene Bildebenen des Datensatzes anschauen, müssen die einzelnen DICOM-Bilder in einen 3D-Stapel zusammengeführt werden.

medcon -f * -c dicom -stack3d -n -qc

ergibt <dateiname-stacks>.dcm [4]

medcon –c „nifti“ –f  <dateiname-stacks>.dcm

ergibt <dateiname-stacks.>nii , Stapel im nifti Format

3D-Rekonstruktionen vornehmen

Amide

Amide {en} steht für "Advanced Medical Imaging Development" und ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]:

  • amide (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Das Programm ist zu finden unter "Graphik -> Amide" und erlaubt ROI-Auswertung, Beschneiden, Volumenrendering sowie Stereoskopie

FSLView

./Wiki_FSLView-.png
FSLView

Dieses Programm findet sich in den Paketquellen und ist auch im genannten med-imaging-Paket enthalten, aber auch als einzelnes Paket installierbar [1]:

  • fslview (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Benötigt Dateien im Nifti-Format als Stapel (Stack)

Da diese - momentan - meist nicht standardmäßig vorliegen, müssen die o.g. Umwandlungen vorgenommen werden.

Slicer

Von http://www.slicer.org {dl} kann für Linux ein tar.gz gepacktes Archiv sowohl für 32- als auch für 64-bit-Versionen heruntergeladen werden.

Hinweis!

Fremdsoftware kann das System gefährden.

./Wiki_MeVisLab-.png
MeVisLab

Nach Entpacken [5] kann das Programm durch Doppelklick auf „slicer“ im entpackten Verzeichnis gestartet werden. Für dieses Programm gibt es eine ausführliche Anleitung mit Demodatensätzen!

  • slicer (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Bildstapel unter "Addvolume" als "centered" hinzufügen. Erlaubt 3D-Schnittebenen beliebig zu verschieben. VolumeRendering surface geht auch.

MeVisLab

Von http://www.mevislab.de {dl} kann für Linux sowohl für 32- als auch für 64-bit-Versionen ein Paket MeVisLabSDJ*.bin (aktuell SDK2.1) herunter geladen werden. Laut Hersteller wurde das Programm unter Ubuntu 10.04 getestet. Dies Programm ist offenbar vornehmlich für Entwickler gedacht. Bilder können über das Modul "Dicomimport" hinzugefügt werden. Das Programm verfügt über einen eigenen Installer und einen eigenen Uninstaller, der sauber aufräumt.

Diese Installationsdatei muss ausführbar gemacht werden[6]

chmod u+x MeVisLabSDK*.bin

und wird anschließend ausgeführt mit

./MeVisLabSDK*.bin

DICOM

Viewer

medcon

DICOMnifti

ImageJ

FSLView

Slicer

Seit Lucid ist das Programm in den Paketquellen, kann also direkt installiert werden

  • Slicer (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png

Diese Revision wurde am 10. Dezember 2011 21:27 von Heinrich Schwietering erstellt.
Die folgenden Schlagworte wurden dem Artikel zugewiesen: Übersicht, Multimedia, Bildung, Grafik

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